Open-World Spiele glänzen in den Missionen durch ihre Geschichte. In diesem Bereich sind die Macher der Mafia Spiele schon immer sehr gut gewesen. Es ist somit nicht verwunderlich, dass auch Mafia 3 eine packende und fordernde Geschichte bietet. Diesmal dreht sich alles um Lincoln Clay. Mit seiner schwarzen Hautfarbe hat er es in Amerika nicht immer leicht gehabt. Besonders nicht in den 60ern, die Zeit, in der die Story Spielt. Das Jahrzehnt ist nämlich durch die in den USA anhaltende Rassentrennung gekennzeichnet.

Seine Kindheit verbrachte Lincoln im Waisenhaus, in dem er streng katholisch erzogen wurde. Als Jugendlicher ohne Zukunft schloss er sich verschiedene Gruppen und Gemeinschaften an und landete schließlich bei der Armee, die ihn auch zum Vietnamkrieg entsendete. Dort erfuhr er, was Krieg, Schmerzen und Grausamkeit wirklich bedeuten. Als er im Jahr 1986 aus dem Krieg heim kommt, geriet er in die Hände des Black Mobs, eine Verbrecherbande.

Er freundete sich schnell mit den Mitgliedern und dem Bandenboss an. Doch lange währt sein Glück, Menschen seinesgleichen gefunden zu haben, nicht an. Die italienische Mafia ist im fiktiven New Orleans auf ihrem Vormarsch und ist fast für die Auflösung des Black Mob verantwortlich. Bei der Konfrontation beider Verbrecherorganisationen ist er einer der wenigen Überlebenden. Mit ein paar der anderen überlebenden Black Mob schwört er Rache. Seine Helfer dabei sind Burke, dessen Markenzeichen ein Schnauzbart ist, die afro-amerikanische Cassandra und Vito Scaletta, der Hauptcharakter aus Mafia II.

Weiteres zur Story hat der Entwickler noch nicht verraten wollen.